特朗普政府的政策导致哈佛大学等一些美国科研机构的研究经费被削减或冻结，使得许多持续数年的研究项目被迫中断。部分科研人员考虑将研究工作转移到海外继续进行。

正在申请美国科研岗位的外籍科研人员也纷纷转向中国或欧洲寻求发展机会。

马萨诸塞州州长莫拉·希利批评特朗普政府放弃美国的智力资产。4月21日，哈佛大学对特朗普政府提起诉讼，指控其试图通过冻结联邦资金来干预学校的学术决策。有媒体认为，这一诉讼标志着美国高等教育界与总统特朗普之间的冲突进一步升级。